1978年7月20日中科院党校开始筹办,同年8月8日启用“中共中国科学院党校”印章。
1978年9月19日,原“中共中国科学院党校”改为“中国科学院干部学校”。
1980年8月5日,经院长办公会议决定,中国科学院干部学校改名为“中国科学院干部进修学院”。
1983年9月30日,经院长和党组联席会议讨论决定,在干部进修学院基础上成立“中国科学院管理干部学院”。
2000年5月9日,院党组下达了《中共中国科学院党组关于成立中国科学院党校的决定》,中国科学院党校正式成立。
2005年3月4日,中国科学院管理干部学院成建制并入中国科学院研究生院,党校依托研究生院开始办学。
2012年6月中国科学院大学成立后,改依托单位为中国科学院大学。